Preprint: La validación del ensayo RT-LAMP en una gran cohorte de muestras de hisopos nasofaríngea muestra que es un método de detección útil para detectar SARS-CoV-2 y sus variantes de VOC

Resumen
La pandemia COVID-19 está desafiando la cadena de suministro global y el equipo necesario para las pruebas de masa con RT-qPCR, el estándar de oro para el diagnóstico SARS-CoV-2. Aquí, proponemos el ensayo RT-LAMP como una estrategia adicional para el diagnóstico rápido del virus. Sin embargo, su validación como método de diagnóstico sigue siendo incierta.
En este trabajo, validamos el ensayo RT-LAMP en 1,266 muestras de hisopos nasofaríngea con diagnóstico confirmado por CDC 2019-NCOV RT-qPCR.
Nuestra cohorte se dividió, la primera (n=984) se usó para evaluar dos conjuntos de oligonucleótidos (S1 y S3) y el segundo (n=281) para determinar si RT-LAMP podría detectar muestras con varios tipos de variantes. Este ensayo puede identificar muestras positivas por cambio de color o fluorescencia en 40 minutos y muestra una alta concordancia con RT-qPCR en muestras con CT ≤35. Además, S1 y S3 pueden detectar SARS-CoV-2 con una sensibilidad de 68.4% y 65.8%, y una especificidad de 98.9% y 97.1%, respectivamente. Además, el ensayo RT-LAMP identificó 279 muestras secuenciadas como positivas (99.3% de sensibilidad) correspondiente a las variantes alfa, beta, gamma, delta, épsilon, iota, kappa, lambda, muy ómicron.
En conclusión, el ensayo RT-LAMP puede identificar SARS-CoV-2 con buena sensibilidad y excelente especificidad, incluidas todas las variantes VOC, VOI, VUM y FMV.