Descripción temprana genómica, epidemiológica y clínica. de la variante Ómicron del SARS-CoV-2 en la Ciudad de México

Resumen
Ómicron es la variante SARS-CoV-2 con más mutaciones, un factor que puede afectar la transmisibilidad, la gravedad de la enfermedad y la evasión del sistema inmune. Su vigilancia genómica es importante para las ciudades con millones de habitantes y un centro económico, como la Ciudad de México.

Resultados
Del 16 de noviembre al 31 de diciembre de 2021, observamos un aumento del 88% en la prevalencia de Ómicron en la Ciudad de México. Exploramos la sustitución de R346K, prevalente en el 42% de las variantes Ómicron, que se conocen con escape inmune por anticuerpos monoclonales. En un análisis filogenético, encontramos varios intercambios independientes entre México y el mundo, y hubo un evento seguido de la transmisión local que dio lugar a la mayor parte de la diversidad de Ómicron en la Ciudad de México. Un análisis de haplotipo reveló que no había asociación entre el haplotipo y el estado de vacunación. Entre el 66% de los pacientes que han sido vacunados, sin comorbilidades reportadas, se asociaron con Ómicron; la presencia de odinofagia y la ausencia de disgeusia fueron síntomas predictores significativos para Ómicron, y los valores de RT-qPCR CT fueron más bajos para Ómicron.

Conclusiones
La vigilancia genómica es clave para detectar la aparición y la propagación de las variantes SARS-CoV-2 de manera oportuna, incluso semanas antes del inicio de una ola de infección, y puede informar las decisiones de salud pública y detectar la propagación de cualquier mutación que pueda afectar la eficacia terapéutica.

Palabras clave: SARS-CoV-2; Variante Ómicron; Análisis filogenético; Análisis de haplotipo; R346K; Odinofagia; Disgeusia