RT-PCR de punto final basado en regiones conservadas para la detección de SARS-CoV-2

Resumen
RT-PCR de punto final es una técnica de diagnóstico alternativa adecuada, ya que es más barata que las pruebas RT-qPCR y se puede implementar a gran escala en países de ingresos bajos y medianos. En este trabajo, se desarrolló un enfoque bioinformático para guiar el diseño de los primers de PCR, y se diseñó una prueba de diagnóstico alternativa basada en PCR de punto final. Los primers de PCR de punto final se diseñaron mediante análisis de conservación basado en la frecuencia de Kmer en SARS-CoV-2 y genomas de patógenos respiratorios humanos. Se identificaron regiones altamente conservadas para el diseño de primers, y los primers de PCR resultantes se utilizaron para amplificar 871 muestras humanas nasofaríngeas con un diagnóstico SARS-CoV-2 basado en RT-qPCR anterior. La prueba de diagnóstico mostró una alta precisión en la identificación de muestras de SARS-CoV-2 positivas, incluidas B.1.1.7, p.1, B.1.427/ B.1.429 y B.1.617.2/ AY con un límite de detección de 7.2 copias virales/µl. Además, esta prueba podría discernir la infección SARS-CoV-2 de otras infecciones virales con sintomatología similar a la COVID-19. La prueba de diagnóstico de PCR de punto final diseñado para detectar SARS-CoV-2 es una alternativa adecuada a RT-qPCR. Dado que el enfoque bioinformático propuesto se puede aplicar fácilmente en miles de genomas virales y sobre cepas altamente divergentes, se puede utilizar como una herramienta de diseño de PCR a medida que surgen nuevas variantes SARS-CoV-2. Por lo tanto, esta prueba de PCR de punto final podría emplearse en vigilancia epidemiológica para detectar nuevas variantes SARS-CoV-2 a medida que emergen y se propagan.